El nombre de Malinalco proviene del náhuatl Malinalxoch, de malinalli y xochitl (flor), y su significado es 'la flor de Malinalli'. O bien, del náhuatl "malinalli" (yerba) y "co" (en). El topónimo de Malinalco es un cráneo de un ojo rojo, y con un tocado de la yerba malinalli. Malinalli es una planta enredadera, parecida al zacate, de la familia de las gramíneas, y que tiene frutos amarillos, utilizada para tejer y crear utensilios. Es también conocida como 'zacate del carbonero' por que se usa para formar las sacas del carbón y para hacer las cuerdas que las aseguran.
El nombre de Malinalco refiere al tolnapohualli o calendario azteca y corresponde al duodécimo signo de los 20 del mes, es decir malinalli, según los Anales de Quauhtinchan. Otro jeroglífico, en el Códice Borgia, aparece el duodécimo día malimalli con la bandera pámitl, que se refiere al sacrificio humano y a la muerte.Por su parte el Códice Boturini, lo designa como Tira de la Peregrinación. En Matrícula de Tributos (Códice de Moctezuma), el toponimo de Malinalco se interpreta por un cráneo humano rematado por seis estilizaciones de la planta malinalli florecida, éste se utiliza oficialmente.
